Em relação à nota fiscal, para quem e qual valor a agência de viagens e turismo deve emitir?

Vai depender do tipo de serviço prestado:

Se a intermediação realizada for remunerada por comissão, a nota fiscal deverá ser emitida contra o fornecedor (hotel, locadora, operadora, dentre outros) pelo valor de comissão.

Quando a agência cobrar taxa de serviço do cliente ou efetuar venda de passagem aérea remunerada por DU/RAV, deverá emitir a nota fiscal contra o cliente sobre o valor da taxa.

Mas, se a agência agregar ao preço de custo dos fornecedores valor a ser cobrado do cliente, ou seja, sobre o preço neto acrescentar sua margem de lucro (Mark-up) deverá emitir a nota fiscal para o cliente sobre esse valor.