Apenas alguns dados podem ser modificados, a discriminação dos serviços, por exemplo, pode, se utilizando da ferramenta carta de correção. Alguns outros dados podem ser alterados utilizando a opção substituição de NFS-e, que consiste na emissão de nova nota fiscal mantendo os outros dados inalterados e cancelando a nota substituída. Os seguintes campos são permitidos: tributação dos serviços, código de serviço, alíquota do ISS, valor total da nota fiscal, ISS retido “sim” ou “não” e dados de tomador fora do município de São Paulo.
O prazo para substituição de NFS-e se finda em 180 dias.